El Dr. Anfinsen salió de Harvard en 1950 para hacer jefe del laboratorio de la fisiología celular y del metabolismo en el instituto nacional del corazón de los institutos nacionales de la salud. Él estaba otra vez en la escuela médica de Harvard como profesor de la química biológica en 1962-63, y después vuelta a los institutos nacionales de la salud para asumir su actual posición.

En el trabajo temprano de Anfinsen, él y Steinberg estudiaron el etiquetado no uniforme en proteínas y luego nuevamente sintetizadas - una técnica que se utilizo para determinarse que las proteínas estén sintetizadas secuencialmente del amino-terminal e in vivo , y para calcular la tarifa en la cual se polimerizan los aminoácidos.

En los años 50 mediados de Anfinsen comenzó a concentrarse en el problema de la relación de la estructura y función en enzimas. En base de estudios en ribonuclease con Sela y blanco, él propuso que la información que determina la estructura terciaria de una proteína reside en la química de su secuencia del aminoácido. Las investigaciones en la desnaturalización reversible de varias proteínas sirvieron para verificar esta oferta experimental. Fue demostrado que, después de la hendidura de enlaces de disulfuro e interrupción de la estructura terciaria, muchas proteínas podrían espontáneamente reformar a sus formas nativas. Este trabajo dio lugar a la aceptación general de la "hipótesis termodinámica". Los estudios en el índice y grado del renaturation in vitro condujeron al descubrimiento de una enzima microsomal que cataliza intercambio del sulfhydryl-disulfuro y de tal modo acelera, in vitro , el refolding de las proteínas desnaturalizadas que contenían enlaces de disulfuro.

En la presencia de esta enzima el índice de los acercamientos del renaturation que suficiente explicar el plegamiento del polipéptido, nuevamente terminado encadena durante biosíntesis de la proteína. Estos resultados han dado mucha importancia a los estudios en la síntesis orgánica de proteínas, puesto que demuestran esto, bajo condiciones fisiológicas del ambiente, logro de los restos de la estructura del natural solamente sobre la polimerización secuencial correcta de los aminoácidos.

Además de sus actividades de la investigación, el Dr. Anfinsen es redactor de avances en química de proteína , servidor en el comité de redacción del diario de la química biológica y escribió "la base molecular de la evolución" que fue publicada en 1959. Él es activo pues un miembro del consejo superior del instituto de Weizmann de la ciencia en Rehovot, Israel, y fue elegido presidente de la sociedad americana de los químicos biológicos por el año académico 1971-72. Sus honores incluyen a una concesión del servicio público de la fundación de Rockefeller en 1954, a una beca de Guggenheim en 1958, a la elección a la National Academy of Sciences en 1963 y a la academia danéa real en 1964, y a doctor honorario de los grados de la ciencia de Swarthmore College (1965), Georgetown University (1967), y York nueva College médica (1969).